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    “草堆里找針”XNA技術(shù)可以找到癌癥泄漏到血液里的蛛絲馬跡

       日期:2017-12-06     瀏覽:144    
    核心提示:發(fā)布日期:2017-12-06 2017年11月20日,帝基生物(DiaCarta)宣布完成最新

    發(fā)布日期:2017-12-06

    2017年11月20日,帝基生物(DiaCarta)宣布完成最新一輪融資,募集3億元資金。本輪投資由FFC領(lǐng)投,投資方還包括GHC資金。帝基生物創(chuàng)始人及董事長(zhǎng)張愛(ài)國(guó)博士表示,此次融資募集的資金將用于支持全球市場(chǎng)開(kāi)拓、重大項(xiàng)目戰(zhàn)略合作、新產(chǎn)品開(kāi)發(fā)、FDA及CFDA申報(bào)。

    在精準(zhǔn)醫(yī)療崛起的今天,以循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)為基礎(chǔ)的液體活檢逐漸成為腫瘤診療的重要組成部分。在目前這種沒(méi)有統(tǒng)一行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的情況下,時(shí)不時(shí)會(huì)有醫(yī)生遇到這樣的情況:同一腫瘤患者同一批外周血樣本,送給兩個(gè)不同的第三方檢測(cè)機(jī)構(gòu)檢測(cè),得到的檢測(cè)結(jié)果卻截然相反。

    「前不久我們遇到一個(gè)腦癌轉(zhuǎn)移患者,某第三方檢測(cè)機(jī)構(gòu)檢測(cè)結(jié)果為陰性,沒(méi)有有效的用藥靶點(diǎn)。在患者病情惡化,家屬開(kāi)始準(zhǔn)備后事之際,他們抱著一線希望寄了5毫升血到我們公司來(lái)。經(jīng)過(guò)我們的努力,很快找出靶向基因突變,臨床醫(yī)生和我們的臨床試驗(yàn)主任針對(duì)這些靶向,分析找到了對(duì)癥的靶向藥物,及時(shí)送到了病人手里。」張愛(ài)國(guó)博士說(shuō),「根據(jù)這個(gè)病人家屬后來(lái)的信息可以看到,奇跡發(fā)生了,病人的積水和晚期腫瘤已經(jīng)得到了明顯的好轉(zhuǎn)。 」

    在張愛(ài)國(guó)博士看來(lái),在血液游離DNA中找到跟腫瘤相關(guān)的ctDNA,猶如在一個(gè)干草堆里找繡花針,對(duì)檢測(cè)技術(shù)要求極高。

    他認(rèn)為,基于NGS的液體活檢技術(shù)都是把「草」和「針」一起放大,由于「草」在含量上本身就占優(yōu)勢(shì),所以「草」被放大的機(jī)會(huì)更多。雖然我們的目的是想把「針」找出來(lái),但是放大的過(guò)程中,「草」增加的更快,這樣一來(lái),實(shí)際上干擾越來(lái)越多。「這個(gè)問(wèn)題不解決,不管你用什么測(cè)序方法,面臨的問(wèn)題都是一樣的」,張愛(ài)國(guó)博士說(shuō)。

    為了解決這一問(wèn)題,很多液體活檢公司都開(kāi)發(fā)了自己的ctDNA富集技術(shù),但很少有企業(yè)能取得很大的突破,實(shí)現(xiàn)在提高準(zhǔn)確度的同時(shí),降低檢測(cè)成本。去年,來(lái)自猶他大學(xué)和華盛頓大學(xué)的研究人員在《PLOS Genetics》(1)上發(fā)表文章稱(chēng),相較于正常細(xì)胞的DNA片段,源自腫瘤的ctDNA似乎更短。如果這一現(xiàn)象被廣泛證實(shí),會(huì)給液體活檢技術(shù)帶來(lái)巨大的提升。

    在2012年的時(shí)候,帝基生物想用自己手中的信號(hào)放大技術(shù)解決這個(gè)難題,但是他們很快發(fā)現(xiàn),他們那時(shí)的技術(shù)也很難解決這個(gè)問(wèn)題。

    「恰好在那個(gè)時(shí)候,我們的首席科學(xué)家Michael J. Powell進(jìn)公司了,當(dāng)時(shí)我們也不知道應(yīng)該用什么樣的技術(shù)。后來(lái)我就跟Powell交流,說(shuō)我們公司現(xiàn)在遇到了這個(gè)瓶頸,我也跟他說(shuō)了『草』和『針』的困境。我問(wèn)他,我們究竟如何才能抑制住『草』,可以單獨(dú)把『針』放大。」張愛(ài)國(guó)博士說(shuō)。

     

    帝基生物的團(tuán)隊(duì)成員

    Powell博士是一個(gè)非常有名的化學(xué)家,他在結(jié)構(gòu)化學(xué)上面,尤其是PNA(肽核酸,是一種DNA類(lèi)似物,PNA可以特異性地與DNA或RNA雜交,形成非常穩(wěn)定的復(fù)合體)嵌合互補(bǔ)上有非常高的建樹(shù)。Powell當(dāng)時(shí)就建議利用核酸類(lèi)似物嵌合正常的DNA片段,阻止其復(fù)制。但是當(dāng)他們把市面上所有可以抑制的技術(shù)都嘗試了,結(jié)果效果都不理想。

    「既然市面上沒(méi)有我們需要的東西,那我們就關(guān)起門(mén)來(lái)自己倒騰了。」張愛(ài)國(guó)博士說(shuō),「大概花了半年多的時(shí)間,終于找到了新的化合物,大概在2013年底我們推出了QClamp XNA技術(shù)。推出來(lái)以后,我們就開(kāi)始做臨床論證,后來(lái)發(fā)現(xiàn)XNA的確是個(gè)很好的東西。」

    根據(jù)帝基生物提供的數(shù)據(jù),使用QClamp XNA技術(shù)之后,基于NGS的等位基因中突變占的百分?jǐn)?shù)(VAF%)最高可以提升十余倍(下面的數(shù)據(jù)是一家美國(guó)國(guó)際知名的測(cè)序試劑供應(yīng)商對(duì)XNA驗(yàn)證的結(jié)果)。同時(shí),由于XNA對(duì)正常DNA片段的抑制,液體活檢的測(cè)序深度可以大幅降低。

    「使用我們的技術(shù)之后,不僅大大提高靈敏度和特異性,同時(shí)成本也可以大幅降低,因此,我們的產(chǎn)品可以做到比市場(chǎng)價(jià)低得多,具有很高的性?xún)r(jià)比,使得精準(zhǔn)醫(yī)療讓普通大眾都能承受的起。可以說(shuō)這是個(gè)Game-changing的突破?!箯垚?ài)國(guó)博士說(shuō)。

     

    那么,看上去這么厲害的XNA到底是個(gè)啥?

    XNA是Xeno-Nucleic Acids的首字母縮寫(xiě),我們就當(dāng)他是核酸類(lèi)似物就好了,它是一大類(lèi)物質(zhì)的統(tǒng)稱(chēng),例如PNA、LNA、TNA、GNA、CeNA和HNA等等(你現(xiàn)在一定明白它為啥叫XNA了)。XNA這個(gè)名字最早是由Piet Herdewijn和Philippe Marliere于2009年提出的(2)。雖然名字很新,但是XNA這一類(lèi)化合物的研究歷史卻很悠久。帝基生物首席科學(xué)家Powell博士擅長(zhǎng)的PNA是1991年丹麥有機(jī)化學(xué)家Peter Nielsen團(tuán)隊(duì)合成的(3), Nielsen 博士也是DiaCarta 的科學(xué)顧問(wèn),并和Powell 博士有歷史悠久合作關(guān)系。Powell 博士也是第一位科學(xué)家把PNA應(yīng)用于基因檢測(cè)領(lǐng)域(6)。

    XNA實(shí)際上跟DNA和RNA差不多(4),簡(jiǎn)單地說(shuō),就是在DNA上加點(diǎn)化學(xué)基團(tuán),或者去掉一些化學(xué)基團(tuán),又或者更換一些化學(xué)基團(tuán)。這些改變上看上去很小,但是對(duì)它們的化學(xué)性質(zhì)卻產(chǎn)生了巨大的影響。

    「我們閉關(guān)的那段時(shí)間里,我們一直在做一件事,就是把組成DNA的一個(gè)核酸上的一個(gè)化學(xué)結(jié)構(gòu)替換了(5)。」張愛(ài)國(guó)博士說(shuō),「這個(gè)結(jié)構(gòu)的變化,導(dǎo)致DNA熔點(diǎn)的劇烈變化,一旦結(jié)合到不攜帶特定基因突變的DNA片段,就很難讓它們分開(kāi)了。這樣一來(lái),就把所有的沒(méi)有特定突變的基因全部都除掉了,目前市場(chǎng)上的技術(shù)(包括PNA)都不能達(dá)到完全抑制干擾的效果。這就是個(gè)革命性的突破。」

    實(shí)際上,帝基生物的QClamp XNA設(shè)計(jì)思想并不復(fù)雜, 因?yàn)閄NA的主要任務(wù)是阻止沒(méi)有突變的DNA片段復(fù)制,因此,他們就針對(duì)目前已經(jīng)有臨床意義的突變位點(diǎn)設(shè)計(jì)XNA。相對(duì)于突變位點(diǎn)而言,XNA只與沒(méi)有發(fā)生突變的位點(diǎn)結(jié)合,而且這種結(jié)合可以用「不可逆」來(lái)形容,一旦結(jié)合上去,沒(méi)有突變的DNA片段就被「鎖住了」,就不能復(fù)制了,只有攜帶突變位點(diǎn)的ctDNA片段可以復(fù)制。

     

    XNA的富集ctDNA的機(jī)制

    當(dāng)然,要把QClamp XNA做到完美并且能和成千上百個(gè)PCR探針組結(jié)合運(yùn)用而不相互干擾并非一件容易的事。具張博士透露,市面上有些同行試圖效仿他們的技術(shù),但都沒(méi)有什么好的結(jié)果,只好又過(guò)來(lái)和他們談合作。

    相較于從血液所有DNA片段中富集ctDNA,XNA技術(shù)通過(guò)抑制正常DNA片段的復(fù)制,達(dá)到只放大ctDNA的目的,顯然是從另一個(gè)角度思考問(wèn)題。「這個(gè)技術(shù)是一個(gè)反向思維,任何一個(gè)技術(shù)突破墨守成規(guī)是很難得到突破的?!箯垚?ài)國(guó)博士在2016年奇點(diǎn)全球創(chuàng)新醫(yī)療大會(huì)上說(shuō)。

    顯然,XNA本身不是用來(lái)發(fā)現(xiàn)新的基因突變,而是如果某個(gè)突變點(diǎn)有臨床意義了,研究人員就可以根據(jù)這個(gè)位點(diǎn)設(shè)計(jì)XNA,做成診斷試劑盒。當(dāng)然,如果需要監(jiān)測(cè)多個(gè)基因的多個(gè)位點(diǎn),只需要多設(shè)計(jì)幾個(gè)XNA就好了,目前研究人員已經(jīng)可以實(shí)現(xiàn)同時(shí)完成上百個(gè)位點(diǎn)的檢測(cè)。用XNA去掉血漿DNA中的「草」之后,接下來(lái)做qPCR或者NGS都可以。

    據(jù)了解,帝基生物團(tuán)隊(duì)已經(jīng)給所有有臨床意義的突變位點(diǎn)都設(shè)計(jì)了合適的XNA,并申報(bào)了專(zhuān)利。

    目前,基于QClamp XNA技術(shù)的多個(gè)產(chǎn)品已經(jīng)開(kāi)始臨床研究及運(yùn)用了。其中檢測(cè)腸癌的產(chǎn)品叫ColoScape,初步的臨床研究結(jié)果已經(jīng)出爐并已經(jīng)獲得歐盟論證(CE-IVD), 在歐洲及其它新興國(guó)家開(kāi)始推廣。在與獲得FDA批準(zhǔn)的檢測(cè)產(chǎn)品Cologuard(美國(guó)Exact Sciences公司))較量中,帝基生物的ColoScape表現(xiàn)明顯優(yōu)于Cologuard。尤其是在早期腸癌的篩查上。

    德國(guó)坡茨坦大學(xué)Bettina Scholtka教授和她的團(tuán)隊(duì)通過(guò)十幾年努力和臨床驗(yàn)證,發(fā)現(xiàn)20個(gè)突變和大腸癌有直接相關(guān)。帝基生物獲得了全球獨(dú)家專(zhuān)利權(quán)后,整合了自身的XNA技術(shù)開(kāi)發(fā)出了ColoScape檢測(cè)產(chǎn)品并申請(qǐng)了新的全球?qū)@?,可以從糞便或血液樣本DNA中檢測(cè)。

     

    帝基生物的ColoScape與獲FDA批準(zhǔn)的Cologuard在腸癌檢測(cè)的比較

    「我們非常高興地發(fā)現(xiàn),這個(gè)突變對(duì)于早期癌癥的靈敏度遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于目前市場(chǎng)上其他同類(lèi)產(chǎn)品?!箯垚?ài)國(guó)說(shuō),「FDA批準(zhǔn)的技術(shù)Cologuard,對(duì)一期以后的靈敏度是92%以上,我們的檢測(cè)技術(shù)是95%以上;尤其對(duì)癌前息肉,Cologuard達(dá)到42%,我們技術(shù)達(dá)到62%以上;目前市場(chǎng)上有些宣傳特異把癌前和癌變后的檢測(cè)靈敏度混為一談,是不準(zhǔn)確的;Cologuard需要把全美的樣本寄到檢驗(yàn)中心,兩到三周才能檢測(cè)出結(jié)果,并需要500多美金檢測(cè)一次,而我們的技術(shù)是定量PCR產(chǎn)品可在任何檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室操作,當(dāng)天出報(bào)告;同時(shí)在成本上也只是它的幾分之一。此外,在和前浙大校長(zhǎng)鄭樹(shù)教授合作過(guò)程中發(fā)現(xiàn),我們的ColoScape血液基因檢測(cè)更好地運(yùn)用于大腸癌手術(shù)和治療后的跟蹤和監(jiān)控?!?/p>

    今年,遠(yuǎn)在大洋彼岸的帝基生物已經(jīng)在南京建立了一個(gè)實(shí)驗(yàn)室,正式在國(guó)內(nèi)落地。帝基生物已經(jīng)與國(guó)內(nèi)多家醫(yī)院及研究機(jī)構(gòu)建立和合作關(guān)系,希望能用他們優(yōu)秀的技術(shù)造福國(guó)民。

    來(lái)源:奇點(diǎn)網(wǎng)(微信號(hào):geekheal_com)

     
     
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