發(fā)布日期：2017-04-13
對(duì)于前列腺癌來說，復(fù)雜的基因組重組事件是非常普遍的一個(gè)現(xiàn)象。然而，之前的研究對(duì)這一問題并沒有得到很好的解決。對(duì)于二代測(cè)序（NGS）技術(shù)來說，檢測(cè)片段長度大于1kb的基因組結(jié)構(gòu)變異存在一定的挑戰(zhàn)。Next generation mapping技術(shù)能夠與NGS形成互補(bǔ)，很好的解決基因組大片段的變異問題。
日前，澳大利亞研究人員通過結(jié)合NGS與NGM技術(shù)（該技術(shù)基于Bionano Genomics公司的Irys 系統(tǒng)）完成了世界首例前列腺癌全基因組的繪制，為進(jìn)一步理解該病提供了新的見解。該研究選擇標(biāo)準(zhǔn)格里森評(píng)分（Gleason score）為7分的前列腺癌樣本，這是診斷中最常見的，但在臨床上是高度不可預(yù)測(cè)的一類。
這項(xiàng)研究揭示了以前未檢測(cè)到的與該病相關(guān)的DNA變化，相應(yīng)結(jié)果發(fā)表在《Oncotarget》雜志上。通過前列腺癌全基因組繪制獲得的信息可以用來描述個(gè)體的腫瘤特征并揭示以前無法識(shí)別的信息，進(jìn)而使疾病的治療更有針對(duì)性。
該研究發(fā)現(xiàn)的大片段DNA重排事件是此前發(fā)現(xiàn)的10倍，并發(fā)現(xiàn)了15種新的前列腺癌的潛在驅(qū)動(dòng)因子。
Garvan醫(yī)學(xué)研究所Vanessa Hayes教授
該研究負(fù)責(zé)人，Garvan醫(yī)學(xué)研究所Vanessa Hayes教授說，“盡管多年來我們一直在研究前列腺癌，但對(duì)這些腫瘤的驅(qū)動(dòng)因素了解有限。臨床上最大的挑戰(zhàn)之一是區(qū)分哪些癌癥會(huì)擴(kuò)散并危及生命，哪些癌癥可以避免損傷較大的臨床治療。為了進(jìn)行靶向治療，我們首先需要了解每個(gè)腫瘤的驅(qū)動(dòng)基因。”
研究人員使用新的NGM技術(shù)和全基因組測(cè)序相結(jié)合，揭示了迄今為止最全面的前列腺癌全基因組圖譜。
對(duì)于大多數(shù)的癌癥來說，主要是驅(qū)動(dòng)基因上的點(diǎn)突變或小的插入缺失所引起，而前列腺癌比較獨(dú)特。此前，我們只了解前列腺癌中少量的小級(jí)別的遺傳變異，然而，目前看來，它更可能是由基因組內(nèi)的大型復(fù)雜的DNA重排引起的。
Hayes教授表示，在這項(xiàng)研究中，新的mapping技術(shù)與全基因組測(cè)序的協(xié)同分析非常重要。她說，“我們不能僅使用測(cè)序技術(shù)完成這項(xiàng)工作。全基因組測(cè)序在識(shí)別小的DNA突變時(shí)非常有用，但是當(dāng)一個(gè)基因完全被刪除，轉(zhuǎn)移到另一條染色體上或多次擴(kuò)增時(shí)，測(cè)序可能就無法檢測(cè)到。結(jié)合下一代mapping技術(shù)，我們發(fā)現(xiàn)了大量的大規(guī)模重排，然后基因組測(cè)序使我們能夠鑒定出受這些重排影響的基因。”
參考文獻(xiàn)
《Next generation mapping reveals novel large genomicrearrangements in prostate cancer》
來源：測(cè)序中國（微信號(hào)：seq114）
